Medio siglo después que la resistencia Red Faction y sus aliados Marauder liberaran Marte del brutal ataque de las Fuerzas de Defensa de la Tierra, la armonía en Marte vuelve a estar amenazada nuevamente, pero esta vez por una fuerza letal envuelta en un halo de misterio. Desde el momento en el que fue destruido el sólido Terraformer que suministraba a Marte el aire y clima similares a los de la Tierra, la atmósfera se convirtió en un caos, potentes tornados y tormentas eléctricas envolvieron el planeta. Para sobrevivir, los colonos huyeron a las minas subterráneas y construyeron una red de cuevas habitables.
Cinco años más tarde, Darius Mason, nieto de los héroes de la Revolución de Marte Alec Mason y Samanya, lleva un fructifero negocio en Bastion, un centro subterráneo de actividad de Colonos. Minero, hurgador de basura, y también ejerciendo trabajos como mercenario - si el trabajo es peligroso, Darius es el hombre idóneo. Poca gente sensata se aventura por la superficie devastada, aparte de personas como Darius y los contrabandistas que comercian con bienes entre los asentamientos.
Cuando Darius acude engañado a abrir un pozo misterioso en un antiguo templo Marauder, se libera un mal que llevaba tiempo latente y se desata el Armagedón en Marte.
Los Colonos y los asentamientos Marauder quedan destrozados, sólo Darius y la Red Faction pueden salvar a la humanidad. La batalla les llevará a través de la maldita tormenta que está destrozando el planeta ...y debajo de él, en el mismo corazón de esta indescriptible amenaza.