The War Chiefs a¤ade tres nuevas civilizaciones nativas americanas: los iroqueses, los sioux, y los aztecas. Esta decision no esta exenta de polemica, pues Age of Empires III no incluyo civilizaciones nativas para realizar un juego politicamente correcto y no incluir ninguna referencia al genocidio aborigen. De hecho, en Age of Empires III la unica forma de luchar contra guerreros nativos es que un enemigo del Viejo Mundo se alie con una tribu nativa. Los edificios de las aldeas y ciudades nativas no pueden ser atacados, pero todo eso cambiara en la expansion. Los Aztecas tendran a su metropoli de donde recibir refuerzos mientras que los Sioux y los Iroqueses tendran consejos tribales.En el juego, los sioux seran sustituidos por los Cheyenne, los iroqueses por los huron.