Eres Alex Mercer "Prototype", un hombre atrapado por su pasado que lucha en una guerra secreta en Nueva York. Debido a una mutación genética por un experimento médico clandestino, ha desarrollado unos sorprendentes poderes que hace que pueda transformarse en un réplica exacta de cualquiera que se cruce en su camino, apoderándose no sólo de su forma física, sino también de sus habilidades y poderes. Recorre las calles de Nueva York, resuelve el misterio de tu existencia. Transfórmate en cualquiera que pase por tu camino y adquiere múltiples identidades, arrasa con todo aquello que se interfiere en tu camino, explota y acaba con tus enemigos. Los humanos serán tu disfraz. Movido por una guerra a tres bandas, entre Alex, el equipo de fuerzas militares especiales llamados Blackwatch, especialistas en la detención del virus, y las criaturas infectadas que propagan el virus por la ciudad, el jugador tendrá que adentrarse en la trama de una conspiración que dura ya más de 40 años... Encuentra a los culpables, enfréntate a ellos y hazles pagar.