Han pasado cinco años ya desde la última vez que Ben utilizó su Omnitrix. Pero ahora ha llegado el momento de volver a utilizarlo: el abuelo Max ha desaparecido. Ben, Gwen y Kevin tendrán que volver a aliarse con quien sea necesario para detener una invasión secreta de DNA Aliens Ben vuelve a la acción convertido en un joven responsable sobre el que recaerá la responsabilidad de salvar de nuevo el mundo.