Durante muchos años los extraterrestres han vivido en la Tierra, mezclados con los humanos, sin que nadie lo supiese. Los Hombres de Negro son agentes especiales, pertenecientes a una asociación altamente secreta del gobierno, encargados de controlar a los alienígenas.
Ahora, dos de estos agentes (uno veterano y otro recién incorporado), que tienen como misión vigilar a los alienígenas que habitan en la ciudad de Nueva York, descubren a un terrorista galáctico que pretende acabar con la humanidad.