En un futuro cercano, los océanos de la Tierra han crecido, inundando la mayor parte de la tierra, matando a miles de millones de personas, debido a acciones del científico Zorndyke. La mayoría de las ciudades que quedaron de pie, fueron posteriormente destruidas o atacadas por el Ejército de Chiron perteneciente a Zorndyke. Ahora, la humanidad restante lucha por sobrevivir contra las creaciones de alta mar producidas por Zorndyke. La mayor esperanza que tiene la humanidad de solucionar el conflicto recae en su fuerza elite de submarinos Clase Azul, liderada por el submarino que le da título a la serie, el Blue Submarine Nº6.