La trama de Warehouse 13 se centra en dos agentes, Pete y Mika (a los que dan vida Eddie McClintock y Joanne Kelly) que tras salvar la vida al presidente de los Estados Unidos son destinados a una especie de depósito del gobierno situado en Dakota del Sur y de nombre Warehouse 13 donde se han ido almacenando todos los extraños artefactos, reliquias y objetos sobrenaturales que son custodiados por un guardián, Artie (Saul Rubinek) que reclamará a los agentes para que vigilen todo lo que existe en el Warehouse y para que localicen a los objetos que desaparecen de vez en cuando.