Por tantas vueltas al pasado que realizo Franz Hopper, XANA, el sistema operativo de Lyoko, toma conciencia y ataca al mundo virtual de Lyoko creado por Franz Hopper, un antiguo profesor de ciencias y además el padre de Aelita, y quiere la dominación del mundo. Ataca el mundo real intentando matar personas activando las torres, generalmente una a la vez, que actúan como acoplamientos al mundo real. El grupo Lyoko conformado por los presonajes Ulrich, Odd y Yumi, tienen que virtualizarse entrando a unos escáneres en la fábrica, ayudar a Aelita a encontrar la torre activada de las cuarenta dispersadas sobre los cinco sectores de Lyoko: Hielo, Desierto, Bosque, Montañas y Cártago o Sector 5, mientras que Jeremie se encarga de detectar monstruos, guiarles en el camino y ayudarles desde la fábrica. Aelita debe desactivar la torre entrando y tecleando el Código: LYOKO y así poder detener el ataque de XANA contra el mundo real; entonces el superordenador (a veces dependiendo de la magnitud del ataque) puede regresar en el tiempo momentos antes del ataque (este hecho lo lleva a cabo Jeremie), dejando a nadie excepto al equipo Lyoko para recordar cualquiera de los acontecimientos que ocurrieron, esto es debido a que son las únicas personas que se han escaneado en los escáners. Para complicar la situación, deben hacer esto mientras se aseguran que nadie muera (porque al regresar en el tiempo no se le puede volver a la vida a éstos), guardar en secreto sus aventuras y tratar de que nadie descubra Lyoko ni los interiores de la Fábrica, haciendo a estos jóvenes estudiantes normales y a la vez guerreros en un mundo virtual.